למערכות ניהול תוכן יתרונות רבים, אפשרות להעלות תכנים בקלות ובמהירות, הפרדה בין תוכן, עיצוב וקוד ועוד.

אך לצד הייתרונות יש גם חסרונות רבים - והחסרון הבולט הוא העדר גמישות.

ברוב מערכות ניהול התוכן - התוכניתן אמור לייצר את התכנים הוא העיצוב בתוך תבניות מוגדרות מראש,

פיתוח תבניות עלול להיות יותר מורכב בתוך מערכת ניהול תוכן מאשר פיתוח באתר ללא מערכת כזאת.