הסיבה לכאבים בשן עם טיפול שורש (לא מיד לאחר הטיפול אלא מספר שבועות לאחר מכן) היא דלקת סמוך לקצה שורש השן. כשיש דלקת יש לחץ ברקמה. לחץ משמעו כאב.

למה יש דלקת? דלקת היא תגובה של הגוף לחידקים. החידקים נמצאים בתוך התעלה (התעלה נמצאת במרכז השורש). החידקים הנמצאים בקצה התעלה (בקצה השורש) דולפים לעצם הסמוכה וגורמים מיד לתגובת הגנה של הגוף, כלומר גיוס תאי ההגנה = דלקת.

מהיכן החידקים? במידה ולפני טיפול השורש לא היו חידקים בתעלה, יתכן והושארו במהלך הטיפול עקב מכשירים לא נקיים או אי בידוד השן מהרוק עם סכר-גומי במהלך הטיפול עצמו. יתכן שהחידקים מהרוק חדרו דרך הכתר וסתימת השורש הישנה והגיעו לקצה השורש. דליפה זו נקראת "דלף-שולי" והיא דליפה של רוק מזוהם לאורך זמן רב בשולי סתימות וכתרים לא תקינים. אם סתימת השורש או הכתר לא נעשו היטב הם ידלפו מהר יותר מכתרים וסתימות שורש תקינות.

במידה ובשן היו חיידקים ודלקת לפני הטיפול, יתכן ולא בוצע ניקוי טוב מספיק ולא הוסרו מספיק חיידקים כדי להביא לריפוי הדלקת שהייתה. 

אז מה עושים?

קיימות שתי אפשרויות. אחת לחדש את טיפול השורש. להוציא את סתימת השורש הישנה, לנקות ולאטום שוב. אפשרות שנייה היא לבצע טיפול שורש כירורגי לקצה השורש. כלומר, לבצע סתימה בקצה השורש שתבודד את החיידקיים בתעלה ולא תאפשר להם להגיע אל העצם וליצור דלקת. פרוצדורה זו נקראת "אפיסקטומי"