כותרות TheMarker >
    cafe is going down
    ';

    אלעד עדן

    הבלוג של אלעד עדן, ספורט אקסטרים, מים, ים וסקי

    האם הקורונה וירוס הוא תוצרת מעבדה?

    2 תגובות   יום שני, 27/4/20, 16:01

    תוצרת מעבדה? SARS-CoV-2 -   

     

    אם אתה שומע מישהו טוען "אנחנו יודעים שהנגיף לא הגיע ממעבדה", אל תאמין לו - יתכן שזה אכן קרה. מעבדות ברחבי העולם מייצרות כבר שנים וירוסים סינתטיים כמו CoV2. ולא, הגנום שלו לא יכלול בהכרח סימני היכר של מניפולציה אנושית: כלים להנדסה גנטית מודרנית מאפשרים חיתוך והדבקה של שברים גנומיים מבלי להשאיר עקבות. ניתן לעשות זאת גם במהירות: לקח מעבדה BSL4 בטקסס פחות משנתיים כדי ליצור שיבוט סינתטי של CoV2.


    איך למדתי להתחיל לדאוג
    הו, בוא. תוצרת מעבדה? שטויות! בינואר, זו הייתה תגובתי הראשונית כאשר רעיונות לפיהם קוביד -19 נגרמת מדליפת מעבדה החלו לצוץ. נשק ביולוגי? רעיוות של אלו שמאמינים שכדור הארץ שטוח. לפיכך, בכל פעם ששמעתי משהו על מקורות לא טבעיים של SARS-CoV-2, התייחסתי להם ברגשות דומים. אז מה אם יש מכון וירולוגי בווהאן? מי יודע כמה כאלה מפוזרים ברחבי סין.

    בשלב מסוים היה צורך לטאטא תיאוריות כאלה הצידה באופן מדעי, שכן תומכיהם החלו לגבות את התיזות שלהם לגבי אופיו המלאכותי האפשרי של הנגיף בטיעונים מהביולוגיה המולקולרית, וכאשר הם עוסקים בהם בדיונים רציתי לרסק את תיאוריות הקונספירציה שלהם עם עובדות מדעיות קרות וקשות. בדיוק כמו נייר העיתון הזה (כך לפחות חשבתי).

    רק אז, במרדף אחר ויכוחים כנגד חוצפת המעבדה של הנגיף, נדבקתי בנגיף הספק. מה מקור הספקות שלי? העובדה כי ככל שאתה מעמיק יותר בפעילות המחקר של קורונהוירולוגים במהלך 15-20 השנים האחרונות, כך אתה מבין שיצירת כימרים כמו CoV2 הייתה דבר שבשגרה במעבדות שלהם. וCoV2 הוא כימרה ברורה (אם כי לא בהכרח תוצרת מעבדה), המבוססת על זן העטלף הקדמון RaTG13, בו המוטיב המחייב את הקולטנים (RBM) בחלבון הדוקרן שלו מוחלף על ידי RBM מזן הפנגולין, בנוסף, מוחדר קטע קטן אך מיוחד מאוד של 4 חומצות אמינו, היוצר אתר מחשוף של פורין שכפי שהקימו וירולוגים בעבר, מרחיב משמעותית את "הרפרטואר" של הנגיף מבחינת תאיו הוא יכול לחדור. ככל הנראה, בזכות אתר פרנין חדש זה הצליח המוטאנט החדש להקפיץ מינים מהמארח המקורי שלו לבני אדם.

    ואכן, וירולוגים, כולל מנהלת מחקר וירוס בקורונה במכון ווהאן לווירולוגיה, שי ז'נגלי , עשו הרבה דברים דומים בעבר - שניהם החליפו את ה- RBM בסוג אחד של נגיף על ידי RBM מסוג אחר, או הוסיפו אתר חדש של תכונות. שהיו יכולים לספק לוירוס קורונה ספציפי עם יכולת להתחיל להשתמש באותו קולטן (למשל ACE2) במינים אחרים. למעשה, הקבוצה של שי ז'נגלי יצרה קונסטרוקציות כימריות כבר בשנת 2007 , ולאחרונה גם בשנת 2017 , אז יצרו שלם של 8 קורונהוירוסים כימריים חדשים עם RBMים שונים. בשנת 2019 עבודה כזו הייתה בעיצומה, שכן WIV הייתה חלק ממענק NIH של 3.7 מיליון דולר תחת הכותרת הבנת הסיכון להתפתחות וירוס בת-Coronavirus. תחת חסותה, שי Zhengli בכתיבתו של 2019 נייר שקרא מחקר המשך לתוך וירוסים סינתטי בדיקתם במבחנה ו in vivo :
    נכון לעכשיו, אין טיפולים קליניים או אסטרטגיות מניעה זמינות לכל נגיף קורונב אנושי. בהתחשב ב- RBDs השמורים של SARS-CoV ו- SARSr-CoVs, יש לבדוק כמה אסטרטגיות אנטי-SARS-CoV בפיתוח, כגון נוגדנים נגד RBD או חיסונים מבוססי RBD, יש לבדוק נגד SARSr-CoVs בת. מחקרים אחרונים הוכיחו כי אסטרטגיות אנטי-SARS-CoV פעלו רק נגד WIV1 ולא נגד SHC014. בנוסף, מעט מאוד מידע זמין על זנים הקשורים ל- HKU3 שיש להם תפוצה גיאוגרפית רחבה הרבה יותר ונושאים גזעים ב- RBD שלהם. באופן דומה, נוגדנים נגד S כנגד MERS-CoV לא יכלו להגן מפני זיהום בנגיף פסאודובי הנושא את העטלף MERSr-CoV S. יתר על כן, מעט מאוד ידוע על שכפול ופתוגנזה של נגיפי עטלפים אלה.לפיכך, יש להתמקד בעבודה עתידית בתכונות הביולוגיות של נגיפים אלו תוך שימוש בבידוד וירוסים, גנטיקה הפוכה ומבחני זיהום במבחנה וב- vivo . הנתונים שהתקבלו יסייעו בעתיד במניעה ובקרה של מחלות דמויות SARS או דמויות MERS.

    אם הציטוט שלעיל עשוי להיראות מעורפל לגבי המשמעות של בדיוק "שימוש בגנטיקה הפוכה", המענק של ה- NIH עצמו מנסח זאת:
    מטרת 3. In vitro ו- in vivo אפיון הסיכון לגלישה SARSr-CoV, בשילוב עם ניתוחים מרחביים פילוגנטי לזהות את האזורים ווירוסים של דאגה לבריאות הציבור. אנו נשתמש בנתוני רצף חלבון S, בטכנולוגיית שיבוט זיהומי, ניסויים בזיהוי חוץ גופית וב- vivo וניתוח של קשירת קולטן לבדיקת ההשערה לפיה אחוזי סף של שונות ברצפי חלבון S מנבאים פוטנציאל של דליפה.
    "טכנולוגיית שיבוט זיהומיות" מייצגת יצירת שיבוטים נגיפיים סינתטיים חיים. בהתחשב בגבהים של ידידותיות ואוטומציה למשתמשים שהשיגו כלים להנדסה גנטית, יצירת CoV2 סינטטי באמצעות המתודולוגיה שלמעלה תהיה בהישג ידו של אפילו סטודנט לתואר ראשון.

     


    רווח של פונקציה: עסק מסוכן
    אנשים רבים שלומדים לראשונה על המחקר לעיל שואלים שאלה נכונה מאוד: "אבל מדוע?" מדוע מדענים יוצרים נגיפי רוצח כימריים? התשובה הפוליטית-נכונה היא פיתוח אמצעי מניעה (תרופות או חיסונים) מפני כימאריות טבעיות אפשריות ולהבנת הסיכונים להתרחשותן. הנה, למעשה, מה שכתבו באריק, שי ז'נגלי, ושותפים-מחברים בעצמם בנושא זה בעיתון המפורסם שלהם לשנת 2015:
    בנוסף להציע הכנה נגד נגיפים מתעוררים עתידיים, יש לקחת בחשבון גישה זו בהקשר של השהיית המנדט של ממשלת ארה"ב על מחקרי רווח של פונקציה (GOF). על סמך מודלים קודמים של הופעה (איור 4 א, ב), יצירת וירוסים כימריים כמו SHC014-MA15 לא הייתה צפויה להגביר את הפתוגניות. למרות שה- SHC014-MA15 נחלש ביחס ל- SARS-CoV המותאם לעכבר ההורי, מחקרים דומים שבדקו את הפתוגניות של ה- CoVs עם ספייק האורבי מסוג הטבעי באזור עמוד השדרה MA15 לא הראו ירידה במשקל בעכברים והפחתה את שכפול הנגיף. לפיכך, יחסית ל- Urban Spike – MA15 CoV, SHC014-MA15 מראה עלייה בפתוגנזה (איור 1). על בסיס ממצאים אלה, לוחות סקירה מדעיים עשויים לראות במחקרים דומים הבונים נגיפים כימריים המבוססים על זנים המסתובבים מכדי לסייע בהם, מכיוון שלא ניתן לשלול פתוגניות מוגברת במודלים של יונקים. יחד עם הגבלות על זנים המותאמים לעכבר ופיתוח נוגדנים מונוקלוניים המשתמשים במוטציות בריחה, מחקר על הופעת CoV ויעילות טיפולית עשוי להיות מוגבל מאוד קדימה. יחד, נתונים ומגבלות אלה מייצגים פרשת דרכים של חששות המחקר של GOF; יש לשקול את הפוטנציאל להיערך ולהפחתת התפרצויות עתידיות כנגד הסיכון ליצירת פתוגנים מסוכנים יותר. בפיתוח מדיניות המתקדמת קדימה, חשוב לקחת בחשבון את ערך הנתונים שנוצרו על ידי מחקרים אלה והאם סוגים אלה של מחקרי נגיפים כימריים מצדיקים בדיקה נוספת לעומת הסיכונים הגלומים בכך. יחד עם הגבלות על זנים המותאמים לעכבר ופיתוח נוגדנים מונוקלוניים המשתמשים במוטציות בריחה, מחקר על הופעת CoV ויעילות טיפולית עשוי להיות מוגבל מאוד קדימה. יחד, נתונים ומגבלות אלה מייצגים פרשת דרכים של חששות המחקר של GOF; יש לשקול את הפוטנציאל להיערך ולהפחתת התפרצויות עתידיות כנגד הסיכון ליצירת פתוגנים מסוכנים יותר. בפיתוח מדיניות המתקדמת קדימה, חשוב לקחת בחשבון את ערך הנתונים שנוצרו על ידי מחקרים אלה והאם סוגים אלה של מחקרי נגיפים כימריים מצדיקים בדיקה נוספת לעומת הסיכונים הגלומים בכך. יחד עם הגבלות על זנים המותאמים לעכבר ופיתוח נוגדנים מונוקלוניים המשתמשים במוטציות בריחה, מחקר על הופעת CoV ויעילות טיפולית עשוי להיות מוגבל מאוד קדימה. יחד, נתונים ומגבלות אלה מייצגים פרשת דרכים של חששות המחקר של GOF; יש לשקול את הפוטנציאל להיערך ולהפחתת התפרצויות עתידיות כנגד הסיכון ליצירת פתוגנים מסוכנים יותר. בפיתוח מדיניות המתקדמת קדימה, חשוב לקחת בחשבון את ערך הנתונים שנוצרו על ידי מחקרים אלה והאם סוגים אלה של מחקרי נגיפים כימריים מצדיקים בדיקה נוספת לעומת הסיכונים הגלומים בכך. נתונים ומגבלות אלה מייצגים פרשת דרכים של חששות המחקר של GOF; יש לשקול את הפוטנציאל להיערך ולהפחתת התפרצויות עתידיות כנגד הסיכון ליצירת פתוגנים מסוכנים יותר. בפיתוח מדיניות המתקדמת קדימה, חשוב לקחת בחשבון את ערך הנתונים שנוצרו על ידי מחקרים אלה והאם סוגים אלה של מחקרי נגיפים כימריים מצדיקים בדיקה נוספת לעומת הסיכונים הגלומים בכך. נתונים ומגבלות אלה מייצגים פרשת דרכים של חששות המחקר של GOF; יש לשקול את הפוטנציאל להיערך ולהפחתת התפרצויות עתידיות כנגד הסיכון ליצירת פתוגנים מסוכנים יותר. בפיתוח מדיניות המתקדמת קדימה, חשוב לקחת בחשבון את ערך הנתונים שנוצרו על ידי מחקרים אלה והאם סוגים אלה של מחקרי נגיפים כימריים מצדיקים בדיקה נוספת לעומת הסיכונים הגלומים בכך.
    האם המילים הללו היו נבואות? בסוף 2014 הציגה ארצות הברית מורטוריום על מימון המדינה למחקרים מסוג זה של פונקציות רווח, אך הוא בוטל תוך זמן קצר (בשנת 2017). בסין לא הונהג שום מורטוריום למחקרים כאלה, נהפוך הוא, הם המשיכו במלוא קדימה עם יצירת "מעבדות-על" חדשות ברמה הבי-בטיחותית הגבוהה ביותר (BSL-4), כמו בשנת 2017 בווהאן:

    כדי להיות ברור, מעבדת ווהאן הורשתה לעבוד עם קורונהוירוסים עוד לפני שנת 2017, מכיוון שנגיפים אלה דרשו רק דירוג BSL-3 שהיה בידי מכון ויהן לווירולוגיה. אבל השאיפות שלהם להשיג BSL-4 גרמו להרבה אנשים לאי נוחות, כולל חוקרים עמיתים :
    התוכניות העתידיות כוללות לימוד הפתוגן הגורם ל- SARS, שאינה מצריכה גם מעבדת BSL-4, לפני שהיא עוברת לאבולה ולנגיף הלסה המערב אפריקאית. כמיליון אנשים סינים עובדים באפריקה; המדינה צריכה להיות מוכנה לכל אירוע, אומר יואן. "וירוסים לא יודעים גבולות."
    ...
    התוכנית להתרחב לרשת מעצימה חששות כאלה. מעבדה BSL-4 אחת בחרבין כבר ממתינה להסמכה; השניים הבאים צפויים להיות בבייג'ינג ובקונמינג, כאשר האחרונים התמקדו במודלים של קופים לחקר מחלות.
    לינה אומרת כי גודלה של סין מצדיק סולם זה, וכי ההזדמנות לשלב מחקר BSL-4 עם שפע של קופי מחקר - חוקרים סיניים מתמודדים עם פחות קלטת אדום מאשר אלה במערב כשמדובר במחקר על פרימטים - עשויה להיות חזקה. "אם אתה רוצה לבדוק חיסונים או אנטי-ויראליים, אתה זקוק למודל פרימיט לא-אנושי," אומרת לינה.
    אולם אברייט אינה משוכנעת בצורך ביותר ממעבדה BSL-4 אחת בסין. הוא חושד כי ההתרחבות שם היא תגובה לרשתות בארצות הברית ובאירופה, שלדבריו אינן מוצדקות. הוא מוסיף כי הממשלות יניחו כי יכולת עודפת כזו היא לפיתוח פוטנציאלי של נשק ביולוגי.
    "מתקנים אלה הם מטבעם שימוש כפול," הוא אומר. הסיכוי לפתח הזדמנויות להזריק קופים פתוגנים גם הוא מדאיג, ולא מרגש, אותו: "הם יכולים לרוץ, הם יכולים לשרוט, הם יכולים לנשוך."
    טרבן אומר כי ההשקעה של סין במעבדה BSL-4 עשויה, מעל הכל, להיות דרך להוכיח לעולם כי האומה תחרותית. "זהו סמל סטטוס גדול בביולוגיה," הוא אומר, "בין אם זה צורך ובין אם לאו."
    מעניין שמלבד ווהאן תכננה ממשלת סין לפתוח מעבדה BSL-4 חדשה בקונמינג, עם כוונה לבדיקת חיסונים בפני פרימטים. כזכור, קונמינג אינה רק בירת יונאן, אלא גם שם מצא שי ז'נגלי את הזנים Rs3367 ו- RsSHC014 במערות סמוכות. אגב, בדיקות פרימטים הוזכרו על ידי באריק ושי ז'נגלי כצעדים הבאים לפיתוח חיסונים מונעים נגד התפרצויות עתידיות של קורונהוירוז בעיתון המפורסם שלהם לשנת 2015:
    עם זאת, בדיקות נוספות בפרימטים שאינם אנושיים נדרשות כדי לתרגם ממצאים אלה לפוטנציאל פתוגני אצל בני אדם. חשוב מכך, כישלונם של טיפולי טיפול זמין מגדיר צורך קריטי להמשך המחקר ולפיתוח טיפולים. בעזרת ידע זה ניתן לייצר תוכניות מעקב, ריאגנטים לאבחון וטיפולים יעילים המגנים מפני הופעתן של CoVs ספציפיים בקבוצה 2b, כגון SHC014, וניתן ליישם אותם על סניפי CoV אחרים המקיימים בריכות הטרוגניות דומות.
    אולי עד 2019 יצירה ובדיקה של חיסונים פוטנציאליים נגד קורונהוירוסים שונים דמויי SARS כבר הייתה בעיצומה.

    ''

    היזהרו ממעבדה


    בואו נסתכל על השערת דליפת המעבדה. אבל ראשית, אספק כמה הקשר היסטורי, כולל דליפות מעבדה שאושרו בעבר, כפי שרבים מאלה התרחשו בעבר. בראש ובראשונה דליפות מעבדה של ה- SARS-CoV הראשונה: בתחילה, בקיץ 2003 בסינגפור , ואז בדצמבר 2003 בטייוואן , ובאביב 2004 פעמיים בבייג'ינג .
    באירופה ובארה"ב היו שיחות קרובות, אם כי למרבה המזל לא התרחשו שם זיהומים. לדוגמה, מעבדה צרפתית איבדה פעם בקבוקונים עם SARS, ומעבדה אמריקאית BSL-4 בטקסס, איבדה בקבוקון המכיל את גואנריטו (נגיף קדחת המומים בוונצואלה):
    רק מדען אחד עבד עם הנגיף, ורייס אמר כי במעבדה חושדים כי המדען זרק את הבקבוקון בטעות בנובמבר.
    ...
    ביולוגיה של גלווסטון מחייבת את אמצעי הבטיחות המחמירים ביותר מכיוון שהיא חוקרת חומרים BSL-4 ברמה הביולוגית, או מחלות זיהומיות מסוכנות שאין בהן חיסונים או מרפא. חומרי BSL-4 כוללים גואנריטו, אבולה ואבעבועות שחורות.
    ההיסטוריה מכירה דליפות אחרות בהיקפים גדולים בהרבה . לדוגמה, "תחייתו" של נגיף השפעת H1N1 בשנת 1977, אשר נחשב בעבר כנכחד. כן, זה הנגיף של "שפעת ספרדית" המפורסמת:
    נגיפי H1N1 שפעת אנושית הופיעו עם מגיפת 1918, והתמידו, האטו את צבירת השינויים הקטנים בגנום שלה (עם שינוי משמעותי בשנת 1947), עד שהשפעת "אסיה" H2N2 הופיעה בשנת 1957, וגרמה למגיפה עולמית. נגיף שפעת H1N1 אז נכחד ככל הנראה ולא היה מבודד במשך 20 שנה. בשנת 1969 החליף נגיף ה- H3N2 "הונג קונג" את נגיף ה- H2N2, והוא עדיין מסתובב.
    בספטמבר 1977 מבודד נגיף שפעת H1N1 מזיהומים אנושיים באזור המזרח הרחוק של ברית המועצות, ובתחילת 1978 דיווחו הסינים כי הם בודדו את נגיף ה- H1N1 במאי 1977 בצפון מזרח סין הצמוד להתפרצות הסובייטים. בעזרת הכלים הגנטיים המוקדמים שהיו זמינים באותה העת נמצא כי נגיף ה- H1N1 משנת 1977 היה קשור קשר הדוק לנגיפי שפעת האדם H1N1 שהופצו בשנים 1949–1950, אך לא לאלה שנפוצו קודם לכן או מאוחר יותר.
    ...
    רק מאז 2009–2010 החלו מאמרים גדולים לציין באופן ישיר את הופעתה של שפעת H1N1 בשנת 1977 הייתה שחרור בנושא מעבדה: "המקרה המפורסם ביותר של זן מעבדה ששוחרר הוא נגיף שפעת H1N1 A שהופיע לראשונה בסין. במאי 1977 וברוסיה זמן קצר לאחר מכן. "
    ...
    הספקולציות שייתכן כי שחרור 1977 היה קשור למחקר חיסונים H1N1 נתמך על ידי התצפית כי בהתפרצויות הראשוניות בסין, תשעה מתוך עשרה הבידוד הנגיפי הביעו "רגישות לטמפרטורה" (קונג 1978). רגישות לטמפרטורה היא בדרך כלל תכונה לא שכיחה, אך כזו הייתה בשנות השבעים (ועדיין היא) תכונה בסיסית להכנת חיסונים נגד שפעת חיים מנוכי חיים. רגישות לטמפרטורה מתרחשת בדרך כלל רק לאחר סדרה של מניפולציות ובחירות משמעותיות במעבדה.
    מעניין שמחקרים נוספים הראו כי הזנים המסתובבים בשנים 1977-78 היו מורכבים לעתים קרובות מרכיבים רגישים לטמפרטורה מעורבים ונורמליים, וכי ככל הנראה, רגישות הטמפרטורה נעלמה משושלת ה- H1N1 שלאחר 1978. בריחה מאוכלוסיית אמצע פרוטוקול של נגיף H1N1 שעוברת בחירת מעבדה עבור מוטציות רגישות לטמפרטורה תספק אוכלוסיה כל כך מעורבת. בשנים 1976 - 77 אנשי מעבדה בשלהי שנות העשרה המאוחרות שלהם או בתחילת שנות ה 20 לחייהם לא היו נחשפים לנגיפי שפעת H1N1 לפני 1957, והם היו רגישים לזיהומים במעבדה. החומרה הנמוכה של מגיפת 1977 עשויה להיות בחלקה בגלל הרגישות לטמפרטורה של הנגיף, תכונה המגבילה את שכפול הנגיף ברקמות הריאה.
    נראה כי היווצרותם של מוטציות נגיפיות רגישות לטמפרטורה לפיתוח חיסונים פוטנציאליים מנוצחים הייתה נפוצה בסוף המאה העשרים. אם אתה זוכר, בשנת 1990, ראלף באריק עצמו ערך גם ניסויים ביצירת זני וירוס קורונאבי רגישים לטמפרטורה.
    יכול להיות שדבר כזה גרם למגפה Covid-19? אפשרויות שונות אפשריות - החל מדליפה במהלך פיתוח חיסון פוטנציאלי ועד מחקר בסיסי בנושא שילוב מעבדה של נגיף העטלף והפנגולין. איזה חוקר שאפתן במיוחד יכול אפילו להחליט לשלב בין שני "נושאי המחקר האופנתיים" - הוספת אתר פורנין והשתלת RBM מזן של מין אחד (פנגולין) למשנהו (עטלפים), כך שבהמשך, יאשר את גבריותו המוגברת של החדש הנגיף הכימרי, הם יכולים לחוות פואטיות בנוגע לסכנות שבאותה קומבינציה מתרחשת במערות יונאן או בשווקים רטובים. ואם חוקר כזה יכול אפילו לפתח מראש את החיסון נגד כימרות אחרות ואפשריות אחרות, יכולו להמתין כל מיני שבחים.
    האם אני אומר שזה מה שקרה? כמובן שלא, אני לא טוען שאני יודע מה קרה. כיום, אין שום עדות לכך. נכון לעכשיו, יש רק סדרה של צירופי מקרים מוזרים - למשל, כי התפרצות נגיף הנגיף היונני התרחשה אלפי קילומטרים מיונאן בשוק רטוב הקרוב למכון הוויראולוגי של ווהאן. או אולי לא בשוק הרטוב, שכן 3 מתוך ארבעת החולים הראשונים לא היו קשורים לשוק. בנוסף, ישנם צירופי מקרים בתכונות המבניות של הגנום CoV2, הדומות למניפולציות שויראולוגים ביצעו שוב ושוב במעבדה. אך צירוף מקרים אינו הוכחה.
    יתר על כן, צירופי מקרים מתרחשים, וייתכן כי CoV2 יכול היה להתעורר באופן טבעי. טרם ברור בדיוק כיצד - לשם כך, זני העטלף והפאנגולין בוודאי נפגשו באותו תא של איזו חיה בוווהן, מאז ההתפרצות התרחשה שם (אחרת היינו רואים התפרצויות אחרות לאורך השביל שהחיה הייתה עושה להגיע לווהאן). בהתחשב בכך שעטלפים לא נמכרו בשוק ווהאן, ובאופן כללי מתרדמים בזמן זה של השנה, וכי לא זוהו עדיין נשאים אחרים של זני אבות, התרחיש המדויק של הופעתו הטבעית נותר בגדר תעלומה.
    בצד ההפוך של האיזון, תוך מתן אמינות להשערת המעבדה, ישנם דיווחים כי בשנת 2018, מומחים אמריקאים נבהלו למדי לאחר ביקורם במכון הוויראן ווהאן ושיחה עם שי ז'נגלי. "סיור המעבדה" שלהם הביא לשני משלוחים דיפלומטיים לוושינגטון בהם ציינו מספר חולשות בטיחות:
    גורמים המכירים את הכבלים אמרו כי הם נועדו להשמיע אזעקה בנוגע לחששות הבטיחות החמורים במעבדת ה- WIV, במיוחד ביחס לעבודותיו עם עטלפים. פקידי השגרירות קראו לקבל יותר תשומת לב של ארה"ב למעבדה זו ולתמיכה רבה יותר בה, בכדי לעזור לה לתקן את בעיותיה.
    ...
    "במהלך אינטראקציות עם מדענים במעבדת WIV, הם ציינו כי במעבדה החדשה יש מחסור רציני של טכנאים וחוקרים שהוכשרו כנדרש כדי להפעיל בבטחה מעבדה זו עם הכלה גבוהה", נכתב בכבל, 19 בינואר 2018, שגויס. על ידי שני גורמים בסביבת השגרירות, מדע ובריאות, שנפגשו עם מדעני ה- WIV. (מחלקת המדינה סירבה להתייחס לפרטים נוספים ולסיפור זה).
    החוקרים הסינים ב- WIV קיבלו סיוע מהמעבדה הלאומית של גלווסטון באגף הרפואי של אוניברסיטת טקסס וארגונים אמריקאים אחרים, אך הסינים ביקשו עזרה נוספת. הכבלים טענו שארצות הברית צריכה להעניק למעבדת ווהאן תמיכה נוספת, בעיקר מכיוון שמחקריה על עטלפים קורונאוויר היו חשובים אך גם מסוכנים.
    זה קצת אירוני שמעבדת ווהאן קיבלה הדרכה מהמעבדה בטקסס בגלווסטון, שבזמן מסוים איבדה עצמה בקבוקון עם נגיף גואנריטו: מומחי ווהאן הוכשרו בגלווסטון, שאף דווח בעלון של מכון ווהאן עצמו (אם כי, פרסום זה נמחק מאתר ה- WIV, אך הוא עדיין זמין במחשב ה- Wayback):

    כמה נגיעות אחרונות לדיוקן המשפחתי של דליפות מעבדה: בנובמבר 2019 התרחשה התפרצות של ברוצלוזיס (זיהום חיידקי) בשני מרכזי מחקר בלנז'ו, סין, והדביקו יותר ממאה חוקרים שעבדו במקום. מעבדות אמריקאיות גם לא היו חסינות מפני התפרצויות, אם כי לא באותה קנה מידה:
    בתוך הביולות החשאיות של אמריקה
    בקבוקונים של חיידקי ביו טרור נעלמו. עכברי מעבדה שנדבקו בנגיפים קטלניים ברחו מכרסמים פראיים ... סימני היכר אפשריים של מקור המעבדה?
    הבה נשיב את תשומת ליבנו כעת לנגיף עצמו. האם יש לזה סימנים ברורים למניפולציה במעבדה? ראשית, כמה מילים על משמעות "ברור". כל מוטציה יכולה להיווצר באופן טבעי, וגם אם הכנס החומצה האמינית שיצר את אתר הפורין ב- CoV2 לא היה "PRRA" אלא "MADEINWVHANPRRA", עדיין יש סיכוי שאינו אפס שהוא קרה במקרה. אבל לנו, ולכל בית משפט, אני חושב שזה יספיק בכדי להוכיח את מקור המעבדה מעבר לכל ספק סביר .
    הבעיה העיקרית עם עדויות כאלה היא שאפילו בנגיף מתוצרת מעבדה הוא פשוט לא יכול להתקיים. בעיקרון, מהנדס גנטי טוב יכול ליצור נגיף סינתטי שלא ניתן להבחין בינו לבין טבעי. יתרה מזו, לעיתים קרובות חוקרים מכניסים במודע כמה מוטציות נרדפות לעיצובים שלהם, כך שאחר כך יוכלו להבחין במתחם הטבעי. אך אם היוצרים בוחרים שלא לחשוף את הטושים הללו, אי אפשר להבדיל אותם ממוטציות טבעיות.
    אך לעיתים עשויים להישאר עקבות של מניפולציה, במיוחד אם היוצרים לא מנסים להסתיר אותם. ראשית, אני מדבר על הכתמים בגנום הנגיף שבהם נחתך ה- DNA שלו (נזכיר שמניפולציות של נגיף RNA מתבצעות במבני DNA משלימים ). זה קורה כאשר יוצרי וירוסים צריכים לחתוך קטע, או לתפור פלחים חדשים. אחרי הכל, DNA לא יכול לחתוך במקומות שרירותיים (CRISPR בצד), אלא רק כאשר רצף הנוקלאוטידים שלו (בדרך כלל 4–6 "אותיות") יוצר רצף המוכר על ידי אנזים מגביל כלשהו , כלומר אנזים שיכול לחתוך שרשרת נוקלאוטידים. . עם זאת, ניתוח כזה מסובך מהעובדה שיש מאות סוגים שונים של אנזימי הגבלה המשמשים בהנדסה גנטית. אבל בואו ננסה את זה בכל מקרה. ..............
    (הסבר על כלי ניתוח גנטיים - הורד)
    ......................... המאמר באתר NATURE לעומת ההשערה של תוצר המעבדה
    אך האם מאמר באתר NATURE לא הפריך את ההשערה המיוצרים במעבדה? לא לא ממש. אין בעיתון שום הוכחה בלתי ניתנת לסתירה, רק "אנחנו לא מאמינים" בקול רם המבוסס על בסיס רעוע. שופט בעצמך - להלן טיעוני המפתח של הכותבים לתמיכה במסקנותיהם:
    בעוד שהניתוחים שלעיל מראים כי SARS-CoV-2 עשוי לקשור ACE2 אנושי עם זיקה גבוהה, ניתוחים חישוביים צופים כי האינטראקציה אינה אידיאלית וכי רצף ה- RBD שונה מאלו המוצגים ב- SARS-CoV כדי להיות אופטימליים לקישור הקולטנים. לפיכך, הקשר הגבוה בעל הזיקה הגבוהה של חלבון ה- SARS-CoV-2 לדוקרן ל- ACE2 האנושי הוא ככל הנראה תוצאה של סלקציה טבעית על ACE2 אנושי או דמוי אדם המאפשר להתפתח פיתרון מחייב אופטימלי נוסף. זו עדות חזקה לכך ש- SARS-CoV-2 אינו תוצר של מניפולציה תכליתית. בעיתון המקורי המשפטים המצוטטים נמצאים ממש מתחת לתרשים המראה RBMs זהים בין CoV2 לפנגולין -2019. אז אני תוהה מה "ניתוח חישובי" קשור לכל דבר. ברור כי התרחיש הסביר ביותר להשערה מתוצרת המעבדה הוא העברת RBM מזן אחד למשנהו - אותו עשו וירולוגים פעמים רבות בעבר. לפיכך, שרשרת הטיעונים של המחבר אינה הגיונית: "המחשב אומר שהכריכה אינה אידיאלית, ולכן CoV2 חייב להיות תוצאה של בחירה טבעית. ארגו, זו הוכחה חזקה לכך ש- CoV2 אינו מיוצר במעבדה. " רגע, רק בגלל ש- CoV2 שונה מאיזה וירוס "אופטימלי", זה לא אומר שהוא לא יכול היה להיווצר במעבדה. לא המעבדה שמנסה ליצור כלי נשק ביולוגיים "אופטימליים", אלא מעבדה שיוצרת כימרות של זנים שנמצאו באופן טבעי, למשל, ב עטלפים ופנגולינים.
    המחברים ממשיכים להפתיע:
    יתרה מזאת, אם הייתה מתבצעת מניפולציה גנטית, ככל הנראה הייתה משתמשת באחת ממספר המערכות הגנטיות ההפוכות הזמינות עבור betacoronavira. עם זאת, הנתונים הגנטיים מראים באופן בלתי הפיך כי SARS-CoV-2 לא נגזר מאף עמוד שנגיפים ששימש בעבר.
    שוב, אותו היגיון מפוקפק לבוש בשמות תואר קטגוריים: "ניתוח גנטי מוכיח באופן בלתי הפיך ש- CoV2 לא נוצר על בסיס זנים ידועים בעבר!" ובכן תודה, קפטן ברור. אך מדוע לא יוצרים פוטנציאליים של CoV2 יכולים ליצור עמוד שדרה של cDNA מזנים שלא פורסמו הקשורים ל RaTG13 או אפילו נגזרו מהם? ואז הם יכלו להכניס לתוכו בקלות את ה- RBM של הפנגולין, כמו גם להוסיף אתר פורין (או שאולי כבר היה עמוד השדרה של ה- cDNA). וירולוגים עושים דברים כאלה כבר 20 שנה, וכלי הנדסה גנטית מודרניים מנגישים מניפולציות כאלה אפילו לתלמיד.

     

    ''

    באשר לסיכוי שאתר הפרוינץ יעלה בתרבות תאים, המחברים גם מביעים רעיונות מוזרים:
    רכישת אתר המחשוף הפולי-בסיסי והגליקנים הצפויים ל- O טענה גם כנגד תרחישים מבוססי תרבות. אתרי מחשוף רב-בסיסיים נצפו רק לאחר מעבר ממושך של נגיף שפעת העופות נמוכה-פתוגניות במבחנה או in vivo. יתרה מזאת, דור היפותטי של SARS-CoV-2 על ידי תרבית תאים או מעבר של בעלי חיים היה דורש בידוד קודם של נגיף אבות עם דמיון גנטי גבוה מאוד, שלא תואר. דור עוקב אחר של אתר מחשוף רב-בסיסי היה מחייב אז מעבר חוזר בתרבית תאים או בבעלי חיים עם קולטני ACE2 הדומים לאלה של בני אדם, אך עבודות כאלה גם לא תוארו בעבר .
    ראשית, המחברים עצמם מצטטים עבודות קודמות בהן אתר הפרווה קם במבחנה ככל שוירוסים תרבו בתאים. ושנית, למה הכוונה, לא תואר זן בעל דמיון גנטי גבוה - מה עם RaTG13? אם ה- RBM שלו הוחלף על ידי אחד מהזן הפנגולין, ואז הוגבר הזן הכימרי במבחנה , אז בהחלט יכול היה להיווצר אתר פרונין בעניין זה. בנוסף, הזן החדש יכול אפוא להשיג מוטציות אחרות המבדילות את CoV2 מ- RaTG13 ופנגולין -2019.
    אבל מבחינת המקור הפוטנציאלי מבוסס מעבדה של אתר furin, אני נוטה יותר להניח השערה על הכניסה ספציפית - כמו בעיתון בבייג'ינג מאוקטובר 2019 עם וירוס קורונהי. לאחר מכן, הזן הסינטטי יכול היה לרכוש מוטציות חדשות על ידי טיפוח לאחר מכן במבחנה או in vivo - כמו זן העכברים העכבריים MA15 בשנת 2007, למשל. או אולי אפילו להשתמש באותו מודל עכבר עם רקמות ריאה הומניטסיות ומערכת חיסון שנוצרה ב- UNC על ידי באריק וקבוצות אחרות בשנת 2018, בהן דיווחו על בדיקת מספר נגיפים כולל MERS:
    מערכת החיסון המולדת והאנושית ההסתגלת של עכברי BLT-L
    ייצרנו מודל in vivo עם שתלי ריאה אנושיים ומערכת חיסונית אנושית אוטולוגית על ידי בניית עכברי BLT עם שתלי ריאה אנושיים אוטולוגיים (עכברים אנושיים BLT-L).
    לבסוף, גם אם CoV2 הוא תוצר של בחירה ולא של עיצוב אינטליגנטי, זה גם לא שולל דליפת מעבדה - בחירה יכולה לקרות במעבדה באותה מידה, גם טבעיים וגם מלאכותיים. זנים שונים יכולים להצטרף מחדש לבעלי חיים מחקריים או במבחנה על ידי תכנון או במקרה.
    בהבדל הגנום של 4% בין RaTG13 ל- Cov2
    חלק מהמבקרים מההשערה מתוצרת המעבדה טוענים כי ההבדל הגנטי הנראה ~ 4% בין RaTG13 ל- CoV2 הוא גבוה מכדי שאירע במעבדה אם RaTG13 עצמה שימשה כעמוד שדרה. שיעורי המוטציה הנצפים עבור נגיפי RNA משתנים באופן נרחב - בין 10 ל- 10 נוקליאוטידים בכל שכפול במבחנה , ובבני אדם נראה כי CoV2 משתנה בקצב של 25 מוטציות בשנה. לפיכך, ההיגיון נמשך, יידרשו שנים, אם לא עשרות שנים, עד ששני זנים יתחלגו ב -4%. אף שזו נקודה תקפה, ישנם כמה סוגיות בשורה זו של הנמקה.
    ראשית, מהירויות מוטציה חוץ-גופית (כלומר ליחידת זמן) הינן גבוהות בהרבה, מכיוון שאתה יכול לעבור תאים לעתים קרובות יותר מאשר להדביק בעלי חיים חדשים. כפי שהראו ניסויים ב- SARS ו- MERS במבחנה , מוטציות משמעותיות עשויות להימצא לאחר מספר קטעים בלבד. לדוגמה, בעיתון 2004 דווח כי רק לאחר 600 מעברים כבר היה הבדל של 2.1% ברצפים הגנומיים של חלבוני ספייק בין הזן המקורי לאביביו: יתר על כן, בנוכחות כמה תרכובות אנטי-ויראליות, כמו אנלוגים נוקלאוזידים (למשל ribavirin או remdesivir), שיעורי המוטציה בנגיפי RNA יכולים לעלות עוד יותר:
    השגנו אומדן לשיעור המוטציה הספונטני של כ. 10⁻⁴ תחליפים לאתר ומטה, ערך בטווח המקובל בדרך כלל עבור נגיפי RNA. עלייה בערך פי שלוש בשיעור המוטציה ושינוי משמעותי בספקטרום המוטציה נצפו בדגימות של חולים שעברו 6 חודשי טיפול באינטרפרון בתוספת ריבאבירין. תוצאה זו עולה בקנה אחד עם ההשפעה המוטגנית המוטגנית הידועה במבחנה של ריבאווירין ומציעה שההשפעה האנטי-ויראלית של ריבאווירין בתוספת טיפול באינטרפרון מופעלת לפחות בחלקה באמצעות מוטגנזה קטלנית.
    כך שאם CoV2 אבות היו נבדקים במעבדה כדי להעריך כיצד המוטגנזה שלה עשויה להשפיע על יעילותם של חיסונים פוטנציאליים או תרופות אנטי-ויראליות, היא הייתה יכולה לצבור מוטציות בשיעור גבוה בהרבה.
    אך יתכן שהבעיה הגדולה ביותר בטיעון ההבדל ב -4% היא שהיא מסתמכת על כך שה- RaTG13 הוא בדיוק מה ש- WIV אומר שהוא. אם אנו שוקלים ברצינות את השערת הדליפה במעבדה, עלינו להודות כי אין זה הגיוני לסמוך באופן עיוור על הנתונים שפרסמה עצם המעבדה החשודה בדליפה. אם הדליפה אכן התרחשה, כמו הנחת היסוד של השערת המעבדה, התיאור של מה זה RaTG13 יכול היה לקדם את המטרה לחפות על הנזילה.
    שוב, אני לא טוען בוודאות שזה מה שקורה כאן. כל מה שאני אומר זה שזה מה שיכול היה לקרות, ואנחנו צריכים הרבה יותר הוכחות לפני שנוכל להגיע למסקנה מוחלטת. דבר אחד שיכול לעזור לשלול חבלה עם RaTG13 הוא קיום מעבדות עצמאיות ברצף של דגימות יונאן לשנת 2013 מהן ז'נגלי הוציאה את RaTG13. WIV עדיין צריך לקבל אותם אם הם יחזרו ברצף אחר RaTG13 בשנת 2020. שי ז'נגלי -2020
    בזמן שכתבתי את הפוסט הזה, יצא מאמר טרי שנכתב יחד עם שי ז'נגלי, ובו הכותבים בדקו פפטיד אותו הם חקרו זמן רב לפני CoV2. פפטיד זה נועד להיות מעכב נגד וירוס , ואופן הפעולה המתוכנן שלו היה לחסום את ההיתוך של חלבון דוקרן עם קרום התא. הכותבים, כמובן, מזכירים את אתר furin החדש של CoV2, ומציעים שהוא עשוי למלא תפקיד חשוב בחדירה הרבה יותר יעילה של CoV2 לתא:
    במחקר זה הראינו כי SARS-CoV-2 מציגה יכולת גבוהה יותר של היתוך קרום לעומת SARS-CoV, מה שמרמז כי מכונות ההיתוך של SARS-CoV-2 הן יעד חשוב להתפתחות מעכבי היתוך קורונהוירוס.
    ...
    באופן כללי, β-B coronaviruses חסרים את אתר זיהוי הפורין S1 / S2, וחלבוני ה- S שלהם אינם מוסתרים במצב הילידים. לדוגמה, SARS-CoV נכנס לתא בעיקר דרך מסלול היתוך הממברנה האנדוסומלית, שם נעקע חלבון ה- S שלו על ידי קתפסין אנדוסומלי ומופעל. יצירת אתר זיהוי פורין S1 / S2 עשויה להגדיל משמעותית את יכולתו של חלבון SARS-CoV S לתווך זיהום במשטח הקרום התא.
    בהקשר זה, אני תוהה האם המחברים ביצעו בעבר ניסויים כיצד הוספת אתר פורין יכולה לשנות את יעילות הפפטיד שלהם (או תרופות אחרות או חיסונים) כנגד נגיף קורונהי נתון.
    שלא יתעלם, ראלף באריק הצטרף גם הוא למירוץ למצוא תרופות נגד CoV2. כפי שאני מבין, הוא וסופרים משותפים לקחו נתונים על יעילות האנלוגי נוקלאוזיד שלהם (β-D-N4-hydroxycytidine, NHC) נגד SARS-CoV ו- MERS שכבר היו להם, הוסיפו נתונים במבחנה על CoV2, ושלחו מהנייר להדפסה. אנלוגים נוקלאוזידים (כמו remdesivir המפורסם ) הם גישה שונה מהותית מ Shi Zhengli et al. כאן, החוקרים מנסים למנוע שכפול ויראלי על ידי מתן אותיות "פגומות" של האלף-בית הגנטי למכונת ההעתקה של הנגיף, בעוד ששי ז'נגלי וקאות'רים מנסים למנוע לחלוטין את הנגיף לתא. תיאורטית, ניתן לשלב בין גישות אלה.
    אם עשיתם את זה והגעתם לכאן על ידי קריאה ולא על ידי גלילה, תודה על ההשקעה המטורפת. היי, גם אם סקרתם וגיגלתם למטה, גם זה מגניב, ואני מתנצל על המילוליות. פשוט לא ציפיתי שחור הארנב יתגלה כמערת מערות תת-קרקעית שלמה. אני מקווה שמצאתם שצלילה עמוקה זו אל עולם הווירולוגיה מעניינת ונהניתם לחקור את השערת CoV2 מתוצרת המעבדה. לדעתי, הנתונים שהצגתי, שצולמו יחד, אינם מאפשרים לנו לדחות אפשרות זו. תן לי להיות ברור: זה לא מוכיח ש- CoV2 סונתזה במעבדה. כן, כפי שראינו לעיל, מבחינה טכנית, לא יהיה קשה לוויראולוג מודרני ליצור זן כזה. אך אין ראיות ישירות לכך שמישהו עשה זאת, וצירופי מקרים מוזרים אינם יכולים לעבור ראיות נסיבתיות. באיזון, הסיכוי הנוכחי נגד זה עדיין גבוה יותר מאשר למוצאו הטבעי של CoV2. יתרה מזו, גם אם CoV2 אכן היה דליפת מעבדה מצערת, אין המדענים עצמם אשמים, שכן הם פעלו במסגרת החוקים וההנחיות הבינלאומיות הקבועות למחקר כזה. עכשיו, מי שאולי מנסה לחפות על הדליפה הזו, זה סיפור אחר.
    נקודה הפוכה שווה לחזור גם עליה: ההשערה ההפוכה בדבר מקורו הטבעי של הנגיף עדיין אין עדות חזקה לכך. עד שנמצאו אבות ביניים בין RaTG13, פנגולין -2019 ו- CoV2, בהם נוכל להתחקות אחר רקומבינציה של הפסיפס שאנו צופים ב- CoV2, שאלת מקורותיה נותרה פתוחה. לסיום, אין טוב יותר לצטט בעניין זה מאשר ראלף באריק עצמו :
    מהו מין המאגר של SARS-CoV-2?
    הם לא זיהו את מיני המאגר בפועל. הדיווחים מראים כי הפנגולינים הם אולי המארח הביניים, אולם נגיף הפנגולין זהה 88-98% ל- SARS-CoV-2. לשם השוואה, זנים של כלבי סיבוב ורקון של coronaviruses של SARS היו זהים ל- 99.8% ל- SARS-CoV משנת 2003. במילים אחרות, אנו מדברים על קומץ מוטציות בין זני סיביות, זני כלבי ראון וזנים אנושיים בשנת 2003. פנגולינים יש יותר מ- 3000 שינויים נוקליאוטידיים, בשום אופן הם לא נמצאים במאגר. אין שום סיכוי. אז זהו זה. ייתכן כי מארח הנגיף המסתורי היה מעבדה: משחק מילים רע? סליחה, דבר אחרון.
    איך למדתי לשנוא את ה- GOF
    אני מקווה שהפוסט הזה לא משמש להקצאת אשמה בטרם עת או הפצת תיאוריות חד צדדיות. מה אני עושה מקווה שזה מדגיש הוא קנה המידה של מחקר רווח של הפונקציה מסוכן כי כבר ו הוא הולך על לוירולוגיה. מגיפת Covid-19 באמת חשפה את הסיכונים האדירים שלה לנוכח היתרונות המעטים: מחקר GOF לא הגן עלינו מהתפרצות זו, לא סיפק לנו טיפולים או חיסונים יעילים בזמן כדי להציל מאות אלפי חיים שאבדו להם CoV2, ואם יש אפילו סיכוי של 0.1% סיכוי שמחקר GOF גרם לכל העניין, הסיכוי הזה גבוה מדי.

     

     

    https://medium.com/@yurideigin/lab-made-cov2-genealogy-through-the-lens-of-gain-of-function-research-f96dd7413748

    דרג את התוכן:

      תגובות (2)

      נא להתחבר כדי להגיב

      התחברות או הרשמה   

      סדר התגובות :
      ארעה שגיאה בזמן פרסום תגובתך. אנא בדקו את חיבור האינטרנט, או נסו לפרסם את התגובה בזמן מאוחר יותר. אם הבעיה נמשכת, נא צרו קשר עם מנהל באתר.
      /null/cdate#

      /null/text_64k_1#

      RSS
        28/4/20 21:47:
      לצערי אני דוקטור לחינוך ולפילוסופיה ועל כל מה שכתבת לא אוכל להגיב באופן רציני.
        28/4/20 11:20:

       שולח כוכב הערכה והזמנה לטעום מהקפה שלי